Klinik Penyakit Dalam di RSIA Permata Purworejo menyediakan Pelayanan dengan dukungan Dokter Spesialis Kompeten. Klinik Penyakti Dalam menangani gejala atau keluhan masalah kesehatan terkait sistem organ dalam tubuh pada pasien dewasa dan lansia. Pelayanan yang diberikan yaitu mendiagnosis, mencegah, dan mengobati penyakit akut maupun kronis pada orang dewasa dan lansia, melalui pemberian obat-obatan atau tindakan nonbedah.